Преподобный Иона Клименецкий, в миру Иоанн, принял монашество и основал Троицкий Клименецкий монастырь по обету. 

В 1490 году он был застигнут бурей на Онежском озере. Когда уже не было никакой надежды на спасение, Иоанн воззвал к Господу, прося Его сохранить ему жизнь для покаяния и служения Богу. Лодку выбросило волнами на прибрежную отмель. Там он услышал глас Господень, повелевший ему создать обитель во Имя Живоначальной Троицы, и на можжевеловом кусте чудесно обрел Ее святую икону.

Преподобный исполнил завет Господа и основал Троицкий Николо-Клименецкий монастырь с двумя храмами – во имя Пресвятой Троицы и в честь святителя Николая, покровителя плавающих и путешествующих. Из бедного Нятинского монастыря, расположенного в трех верстах от новой обители, пришли братия. К ним присоединились иноки из других мест, желавшие безмолвия и уединения. 

В тяжелые годы безбожия монастырь был закрыт и практически стерт с лица земли, но 12 мая 2016 года приехали на историческую монастырскую землю первые насельники, чтобы вплотную начать восстановительные и строительные работы. 

Осенью 2016 года под стенами самого древнего в Карелии каменного храма праведных Захарии и Елисаветы начались регулярные богослужения.

За три месяца был построен первый монастырский деревянный храм святителя Николая Чудотворца на старом фундаменте, который 3 сентября 2017 года освятил митрополит Константин.

В 2020 году в год 500 летия монастыря были обретены мощи прп. Ионны Клименецкого. 

Митрополит Константин 29 июня 2024 года совершит великое освящение и первую Божественную литургию в отреставрированном храме святых праведных Захарии и Елисаветы в Клименецком монастыре.