Храм  возведён в 1764 году.
При строительстве Покровской церкви применена традиционная безгвоздевая конструкция тесовой крыши «по курицам и потокам». Покровская церковь увенчана девятью куполами: восемь из них окружают центральный. Церковь опоясывает зубчатый фронтонный пояс, украшенный резьбой. Кроме декоративной функции, он ещё и защищает стены храма от влаги: не даёт попадать на них воде во время дождя.

В неф ведёт высокое одномаршевое крыльцо. Внутри храм так скромен. Изначальный иконостас был утрачен, а новый появился в 1950 году, когда здание реставрировали. Покровский храм являлся зимним. Службы здесь велась с октября по Пасху, по выходным и церковным праздникам.

В 1993 году был вновь создан Кижский православный приход, 20 августа 1994 года в церкви Покрова Богородицы отслужил божественную литургию епископ Петрозаводский и Олонецкий Мануил.

Летом 2000 года остров Кижи и его храмы посетил Патриарх Московского и всея Руси Алексий II, летом 2010 года — Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.

Во время своей рабочей поездки в Карелию 23 июня 2012 года Председатель Правительства России Дмитрий Медведев посетил Государственный историко-архитектурный и этнографический музей-заповедник «Кижи» – крупнейший музей крестьянской культуры и народной архитектуры Русского Севера.

18 ноября 2014 года руководителю мужского хора храмов о. Кижи протоиерею Павлу Лехмусу вручены диплом «За высокое исполнительское мастерство и участие в Александро-Невском хоровом соборе, посвященном 700-летию св. прп. Сергия Радонежского» и памятная медаль.

19 августа 2015 года, в праздник Преображения Господа Бога и Спаса нашего Иисуса Христа, митрополит Петрозаводский и Карельский Константин совершил Божественную литургию в храме Покрова Пресвятой Богородицы острова Кижи.

Настоятель - протоиерей Павел Лехмус.

Богослужения совершаются в летнее время чаще чем один раз в месяц.