До революции Шелтозеро украшали два храма: деревянная церковь Преображения Господня, разрушенная в годы лихолетий, и церковь святого апостола Матфея, закрытая в 1930 году и переоборудованная под сельский Дом культуры.

В 2000 году, когда в Вепсском крае началось возрождение Православия, храм был оборудован силами православного прихода в старом двухэтажном доме. Шелтозерская церковь во имя Рождества Христова размещается на первом этаже этого дома, когда-то принадлежавшего священнику Михаилу Васильевичу Смирнову, расстрелянному в апреле 1938 г. Несмотря на небольшое помещение, этот  был уютный намоленный храм очень дорог маленькой местной общине, которая состоит всего  25 человек.

В 2003 году по благословению Архиепископа Петрозаводского и Карельского Мануила в с. Шелтозеро было основано подворье Благовещенского Ионо-Яшезерского мужского монастыря, расположенное в том же здании.

В алтаре домового храма пребывает образ св. вмч. Георгия Победоносца, переданный Благовещенскому Ионо-Яшезерскому мужскому монастырю со Святой Горы Афон. После завершения строительства икона перенесена в Спасо-Рождественский храм.

Настоятель - игумен Досифей (Ларионов)

Богослужения совершаются раз в неделю.