Освящена 8 сентября 1886 года. Храм этот построен на берегу одного из многочисленных островов, лежащих в Сенной губе Онежского озера. Церковь построена по плану архитектора А.В. Малова. Постройка храма производилась под непосредственным наблюдением олонецкого губернского архитектора С.Б. Нюхалова.
Олонецкие губернские ведомости повествуют об интересной истории возникновения и постройки этого храма.
Почти вся местность, прилегающая к Сенной губе, была заселена старообрядцами, которых, в сравнении с числом ревнителей Православной Российской Церкви, было почти две трети. Благодаря миссионерской деятельности местного духовенства количество приверженцев раскола значительно сократилось. Среди новообращенных можно было встретить единичных личностей, которые своим умом дойдя до сознания всей нелепости раскола, не только возвращаются в лоно Синодальной Церкви лично, но затем, как словом, так и собственным примером, старались привести «отпавших» на путь истины. Одним из таких прозелитов является в деревне Леликове крестьянин И.И. Коросов, который соединяясь с другими перешедшими в православие, задумал построить в своей деревне церковь. В течение года ими было собрано, большей частью по близлежащим деревням, до 200 рублей. С этими деньгами они начали хлопоты о дозволении построить церковь, о плане и чертежах... Пожертвования довольно щедро полились на построение храма. Первоначально был проект переделать существующую в деревне старообрядческую часовню на церковь — на этом стояли старообрядцы, ссылавшиеся на массу икон дониконовского стиля. Но православные одолели: был заложен, рядом с часовней, новый храм...
Церковь понемногу начала отстраиваться. Раскольники глумились над ней, как могли: «вишь беседный дом строить начали», говорили они между прочим, намекая на то, что постройка до конца доведена не будет и они в этих стенах будут собираться на «беседу». Одна старуха-раскольница в особенности обращала на себя внимание своим кощунством и глумлением, и однажды при большой толпе крестьян она с клятвою произнесла: «Эту церковь освятят тогда, когда я приму все ихния новшества». Фраза эта оказалась пророческою...
Архитектор Малов пожертвовал план и чертежи храма. Один из леликовцев, петербургский столярный подрядчик И.Ф. Клегеров, пожертвовал весь иконостас с работой и массу церковной утвари; другой однодеревенец, также торгующий в Петербурге — паркетный пол. По воле жертвователей были устроены: дубовые оконные рамы с зеркальными стёклами, двери из массивного красного дерева и прочее. Снаружи церковь имеет довольно обыкновенный вид: это продолговатое четырёхугольное (с небольшими крестообразными уступами) здание, увенчивающееся маленьким куполом над церковью и не особенно высокой колокольней над притвором; колокольня восьмиугольная; помещение для колоколов находится посреди колокольни, на столбах, поддерживающих с довольно острым углом растворения конус, составляющий крышу, увенчивающийся, в свою очередь, как и купол, восьмиконечным крестом. Все выступы, карнизы, сандрики украшены кружевной резьбой в русском стиле. В притвор ведёт лестница в несколько ступеней; притвор — шагов пять в длину — ведёт в храм. При входе в храм невольно поражает контраст между блестящим позолотой иконостасом в три яруса и серебряной, с позолоченными украшениями, спускающейся из центра купола люстрой и вообще между сияющей новизной обстановкой церкви и мрачной сухой живописью иконостаса. Кажется, что иконы эти перенесены из какой-нибудь раскольничьей молельни и реставрированы. Иконостас посредине увенчан восьмиконечным крестом. К достопримечательностям церкви стоит отнести престол, сделанный из белого мрамора, с серыми жилками, украшенный золочёной резьбой.
Накануне освящения в церкви было отправлено всенощное бдение. На другой день с 4 с половиной часов утра богослужение началось каноном и акафистом Иверской Божьей Матери. Самое освящение храма началось в 8 с половиной часов. Освящение церкви совершал, по благословению преосвященнейшего Павла, епископа Олонецкого и Петрозаводского, миссионер, отец Пётр Мегорский, в сослужении с благочинным округа и ещё тремя священниками из ближних приходов. Перед началом освящения отцом миссионером было сказано поучительное слово о значении освящения храма, а также вкратце был им рассказан и сам процесс освящения, причём он весьма вразумительно доказывал раскольникам, которых собралось немало, многие коренные их заблуждения. Слово, сказанное живым, разговорным, понятным для всякого простолюдина языком, видимо, произвело впечатление на «серых» слушателей. Вскоре после начала освящения отцу Петру сказали, что одна «староверка» желает присоединиться к Церкви. Оказалось, что это та самая старушка, о которой сказано выше. Она оказалась в отношении себя пророчицей.
Ко дню освящения нанят был строителями пароход «Петрозаводск», чтобы свести из Петрозаводска на освящение как отца протоиерея Мегорского, так и вообще желающих помолиться на освящении, причём плата за проезд была предназначена в пользу новопостроенной церкви.
К освящению храма прибыли из Петербурга некоторые из главных жертвователей, например, И.Ф. Клегеров, Г.Ф. Равеев — фотограф-любитель, снявший виды церкви как наружный со всех сторон, так и внутренний. Он привез данный его матери высокопреосвященнейшим Исидором, митрополитом Петербургским, для передачи в церковь небольшой образ Иверской Божьей Матери, с благословением высокопреосвященнейшего. При этом господин Ракеев передал, что митрополит сказал, что в день освящения он помолится о воздвигнутом храме, о его строителях и о даровании служителям его сил для борьбы с расколом и сопряжённым с ним невежеством.
Деревня Леликово имеет до 150 душ крестьян, которые, если бы и все были православными, то при отсутствии церкви и пастыря духовного не много бы успели в православном житии; но в Сенной губе, при массе рассеянных на ней островов, из которых на очень многих существуют деревни, необходимость храма очевидна. Кроме того, что православные поселяне будут иметь возможность получать духовную пищу и раскольники, хоть из любопытства заглянувшие в церковь и увидевшие наше православное церковное благолепие, должны будут заинтересоваться сравнительно мало знакомым им богослужением, а принимая во внимание разумное, живое слово, которое они могут услышать с церковной кафедры — понятно будет и влияние храма на их религиозно-нравственный быт
Церковь была закрыта не позже 1930 года.
Долгое время храм был в запустении. С возобновлением приходской жизни в кижской округе в 90-х годах XX века, по инициативе тогдашнего настоятеля кижских храмов о. Николая Озолина и при непосредственном участии местных жителей, в церкви начались ремонтные работы. В них принимали участие плотники музея «Кижи».
В 2012 году, в праздник Рождества святого пророка Предтечи и Крестителя Господня Иоанна состоялся праздничный молебен в церкви в честь святого Иоанна Предтечи, построенной в деревне Леликово в XIX веке. Молебен и Крестный ход совершил настоятель Прихода Спасо-Преображенского храма о. Кижи священник Артемий Корыхалов.
Праздничное богослужение собрало на молитву не только жителей острова Малый Леликовский, где находится храм, но и гостей из близлежащих деревень. После богослужения состоялось чаепитие, в ходе которого обсуждались вопросы дальнейшей судьбы церкви.
Уникальный храм в это время находится в плачевном состоянии: требуется внутренний ремонт церковного помещения, ремонт крыльца, необходимо установить кресты на купола храма, планируется приобретение икон для заполнения старинного иконостаса. На все эти работы в настоящее время нет необходимых средств, но местные жители, с любовью и заботой относящиеся к своему храму, собирают пожертвования и надеются на помощь благотворителей.
Во время молебна верующие молились о восстановлении старинного храма и о возрождении духовной жизни в Заонежье. Отец Артемий отметил в проповеди, что храм Иоанна Предтечи деревни Леликово будет восстанавливаться и благоукрашаться, возрождение духовной жизни уже начинается в сердцах людей, осознающих себя причастными к великой культуре и традиции Православной Церкви и готовых заботиться не только о материальном благосостоянии, но и о высоких духовных ценностях.
В список вновь выявленных памятников культуры она была внесена лишь недавно, так как не совсем соответствовала вкусам советских министерских ценителей подлинно народного зодчества. Она, дескать, сработана хоть и народом, но по архитектурному типовому проекту церквей тех времен. Ну а при нынешнем отношении к наследию ожидать государственного финансирования на объекты из заброшенных деревень не приходится. Поэтому церковь со времени строительства ни разу не ремонтировалась.
Черное кровельное железо было настолько хорошо обработано олифой и суриком, что только сгибах желобов проржавело на нет, а в целом находится в удовлетворительном состоянии. Обветшала в основном кровля главки, крытая луженым железом. Но это можно отнести к чрезвычайно сложным ее формам для обеспечения идеального качества.
В июне – сентябре 2015 года Фонд восстановления объектов культурного наследия «Памятники Заонежья» (руководитель Омельчак Виктор Иванович) на средства частных благотворителей произвел ряд первоочередных ремонтных работ на церкви. Необходимо было срочно ликвидировать протечки в кровлях, а также восстановить недавно рухнувший крест на центральной главке церкви.
Были отремонтированы паркетные полы, штукатурили и красили потолки. Частично был восстановлен иконостас. И хотя вода из щелей в главке попадала на потолочное перекрытие, она не нанесла особого вреда перекрытию.
Работы проводились в соответствии с рекомендациями, разработанными архитектурно-реставрационным проектным предприятием ЗАО «ЛАД». Производство работ осуществлялось бригадой плотников-реставраторов. Параллельно вторая бригада местных жителей восстановила крест над алтарной главкой.
В ходе работ было произведено дополнительное обследование технического состояния конструкций, недоступных при первом обследовании проектировщиками ЗАО «ЛАД» из-за отсутствия лесов. В результате этого обследования был откорректирован перечень первоочередных работ. Это касалось в первую очередь удаления протечек кровель в местах выхода демонтированных в настоящее время труб на западном скате крыши собственно церковного помещения, а также заделки проемов слуховых окон во избежание надувов снега в зимний период.
Крест был установлен с имитацией старого замка в месте соединения сохранившегося опорного столба и креста. Обивка креста металлом не восстанавливалась из-за отсутствия квалифицированных жестянщиков в бригаде. Сам крест был обработан цветным антисептическим составом почти под цвет старого обшитого железом креста.
На главке был произведен ремонт деревянной обрешетки с заменой ветхих элементов с устройством кровли из гибкой битумной черепицы. То же по восточному скату крыши церкви, где над проемами для труб и по всему скату была уложена дощатая обрешетка под кровлю. Цветовая гамма вполне соответствует старой сохранившейся металлической кровле покрытой некогда суриком.
В западное слуховое окно было закрыто вновь изготовленной жалюзийной решеткой. В южном окне частично была восстановлена историческая дощатая обшивка, сохранившаяся на чердаке, а северное окно пришлось зашить свежими досками.
Сейчас в храме лишь 7 июля, в праздник Рождества Иоанна Предтечи, совершается Божественная литургия, после которой жители деревни и гости, приехавшие из окрестных поселений, собираются за общим праздничным столом.
Настоятель - протоиерей Павел Лехмус.
Храм приписной к Приходу Спасо-Преображенского храма о. Кижи.
