До революции Шелтозеро украшали два храма: деревянная церковь Преображения Господня, разрушенная в годы лихолетий, и церковь святого апостола Матфея, закрытая в 1930 году и переоборудованная под сельский Дом культуры.

В 2000 году, когда в Вепсском крае началось возрождение Православия, храм был оборудован силами православного прихода в старом двухэтажном доме. Шелтозерская церковь во имя Рождества Христова размещается на первом этаже этого дома, когда-то принадлежавшего священнику Михаилу Васильевичу Смирнову, расстрелянному в апреле 1938 г. Несмотря на небольшое помещение, этот  был уютный намоленный храм очень дорог маленькой местной общине, которая состоит всего  25 человек

В 2003 году по благословению Архиепископа Петрозаводского и Карельского Мануила в с. Шелтозеро было основано подворье Благовещенского Ионо-Яшезерского мужского монастыря, расположенное в том же здании.

В 2012 году на подворье Благовещенского Ионо-Яшезерского мужского монастыря в с. Шелтозеро (Прионежский район) строится деревянный храм в честь Рождества Христова. Сруб был возведен на строительной площадке в Петрозаводске, затем перевезен в село. Строительные работы начались 13 июня.

К концу 2012 года основной этап строительства был окончен. Своды церкви Рождества Христова зашиты фанерой и покрыты грунтом для нанесения росписи. На центральном куполе храма появилась фреска с изображением Спаса Вседержителя, на склонах свода алтаря будет написана фреска «Херувимы и Серафимы», на своде над притвором изображения избранные святые земли Карельской.

8 августа 2015 года в ходе архипастырского визита митрополит Петрозаводский и Карельский Константин посетил подворье Благовещенского Ионо-Яшезерского мужского монастыря с. Шелтозеро Прионежского района.

Настоятель - игумен Досифей (Ларионов)

Богослужения совершаются несколько раз в месяц.