В день выборов в Верховный Совет, 12 декабря 1937 года, Иван Алексеевич, придя на избирательный участок, вместе с избирательным бюллетенем опустил в урну написанное им, но не подписанное письмо на имя кандидата в депутаты от Наро-Фоминского района.

21 июня 1938 года сотрудник НКВД выписал справку на арест Ивана Чернова, где в вину ему ставился сбор подписей под ходатайством за открытие церкви.

Письмо попало в НКВД, для которого не представляло большого труда установить, кто его написал. Сотрудники НКВД стали допрашивать жителей деревни, и те показали, что Иван Алексеевич ходил по деревне, собирал подписи за открытие церкви, проповедуя о необходимости веры в Бога и улучшения жизни через милость Божию, если будет открыта церковь и можно будет молиться.

Следователь спросил, признает ли Иван Алек­сеевич себя виновным в контрреволюционной деятельности, на что тот ответил, что не признает. Были вызваны на допрос очередные свидетели, в частности псаломщик Протопопов, который показал, что Ивана Алексеевича он знает с 1934 года, что тот «все время ходит в церковь и очень религиозный человек». Далее он сообщил, что Иван Алексеевич жаловался, что коммунисты позакрывали все церкви, и говорил: «но все-таки придет этому конец, и сгонят проклятых коммунистов, и тогда только заживет народ хорошо».

После допросов лжесвидетели были вызваны на очные ставки, но Иван Алексеевич отверг все их показания.

13 августа 1938 года следствие было закончено, 19 сентября Особое Совещание при НКВД СССР приговорило псаломщика к пяти годам заключения в исправительно-трудовом лагере, и он был отправлен в Беломорско-Балтийский лагерь, куда прибыл 8 ноября.

Иван Алексеевич Чернов скончался от голода 10 апреля 1939 года в лазарете 14-го лагерного пункта Семеново Пудожского района Карелии и был погребен на кладбище в километре от лагеря в безвестной могиле.