В конце XVIII века на этом месте стояла деревянная церковь, которая просуществовала почти столетие и была разобрана за ветхостью. Ее колокола были перенесены на колокольню возведенной к тому времени Никольской церкви. На ее месте соорудили кирпичную часовню Валаамского монастыря, которая по проекту Юхани Виисте в 1932 году была перестроена в церковь Иоанна Богослова и являлась главным храмом комплекса зданий Управления Финской Православной Церкви и Сортавальской духовной семинарии.

Согласно источникам, проектируя каменную церковь Иоанна Богослова, Вийсте хотел повторить деревянный прототип, но сделал он это с применением композиционных приемов финского деревянного зодчества XVII в. Постройка состояла из основного объема, имеющего форму параллелепипеда, колокольни с восьмигранным шатровым завершением, построенной по принципу «восьмерик на четверике», и пятигранного алтаря. Алтарь в интерьере был открытым и отгораживался лишь низкой преградой.

Церковь освятили в 1932 г., до 1940 г. в ней проводили службу учащиеся духовной семинарии. В послевоенное время здание было передано Сортавальскому кинопрокату. Внутреннее храмовое пространство было поделено на этажи в связи с новой функцией. Пристройки и перепланировки сильно исказили как внешний облик памятника, так и его интерьер.

В 1992 г. храм был возвращен Русской Православной Церкви. С 1994 г. приход Никольской церкви занимается его восстановлением: разобраны перекрытия, заложены дополнительно устроенные оконные и дверные проемы, демонтирован балкон, заменена система отопления, устроен новый иконостас и престол, заказаны иконы. В центре помещения для прихожан был выполнен восьмигранный баптистерий, то есть чаша для святой воды. Сейчас зданию практически возвращен первоначальный облик, заканчиваются внутренние отделочные работы. В обновленной церкви также располагаются помещения приходского дома Сортавальского прихода. В дополнительных помещениях проводится тематические вечера, показ кинофильмов из фондов прихода, размещена библиотека, работает воскресная школа.

Иоанновская церковь действует, живет и благоустраивается.

Настоятель - протоиерей Андрей Бондаренко.

Богослужения совершаются еженедельно.